خدمات شرکت رویش هوشمند داده
شرکت رویش هوشمند داده آماده همکاری با آزمایشگاه ها مراکز تحقیقاتی، مراکز پژوهشی و دانشگاهی می باشد
لیست خدمات
آنالیز داده های NGS
تمرکز شرکت رویش هوشمند داده آنالیز داده های زیستی می باشد. در این راستا یکی از اهداف مهم شرکت طراحی نرم افزارها جهت بالا بردن کارایی آنالیزورهاست.
نرم افزار ژن متریک برای آنالیز داده های NGS به عنوان دستیار آنالیز با تکیه بر قدرت برنامه نویسی، مدل های یادگیری ماشین و هوش مصنوعی به صورت یک وب آپ طراحی و تولید شده است. این نرم افزار روی سرورهای اختصاصی شرکت رویش هوشمند داده مستقر است.
داده های NGS جز کلان داده ها (Big Data) هستند که آنالیز آنها همواره نیازمند به آموزش های گسترده و سخت افزارهای پیچیده است. با این حال نرم افزار ژن متریک بر مبنای استانداردهای ACMG از مرحله تبدیل فرمت فایل های FASTQ تا Annotation و مرحله فیلتر تا گزارش نویسی برای آنالیز موثر و سریع (بدون نیاز به آنالیز های مجدد) با انعطاف پذیری بالا و قابلیت سفارش سازی تمامی مراحل و فقط با دسترسی به مرور گر اینترنت، آنالیز چنین داده هایی را ممکن کرده است.
این نرم افزار برای مراکز درمانی شامل آزمایشگاه های تخصصی، بیمارستان ها جهت پیدا کردن واریانت های آسیب زای بیماران و همچنین مراکز تحقیقاتی برای پژوهش بر اساس داده های NGS به صورت یک دستیار قابل استفاده می باشد.
دسترسی به نرم افزار ژن متریک
برای آنالیز داده های NGS به کمک نرم افزار ژن متریک با دریافت نام کاربری به زیرساخت سخت افزاری (سرورهای ابری اختصاصی شرکت) و نرم افزار دسترسی خواهید داشت. این نرم افزار از یک محیط گرافیکی تا حد ممکن ساده با امکان دسترسی به محیط ترمینال برخوردار است و به گونه ای طراحی شده است که منعطف، قابل برنامه ریزی و با منحنی آموزشی سریع و کم شیب با امکان سفارشی سازی بالا باشد.
همه مراحل از تبدیل فرمت تا گزارش و پاپ لاین های آنالیز بر طبق استانداردهای ACMG طراحی شده است. سعی شده است همه مراحل منعطف و با گزینه های حداکثری طراحی شوند، با این حال کاربر می تواند سفارشی سازی هر مرحله را درخواست کند. مراحل اختصاصی مطابق پاپ لاین پیشنهادی، باز طراحی و در دسترس کاربر قرار می گیرد.
در صورت درخواست، آنالیزورهای آموزش دیده، مجرب و با تجربه شرکت رویش هوشمند داده همه مراحل آنالیز را بعد از دریافت فایل های اولیه و پرونده الکترونیکی نمونه می توانند بر عهده بگیرند. کافی است بعد از ارسال فایل و اطلاعات لازم نوع گزارش درخواستی را مشخص نمایید.
روش های آنالیز در نرم افزار ژن متریک
در نرم افزار ژن متریک آنالیز whole gene sequence و whole exon sequence به روش فیلتر هوشمند، منعطف و قابل سفارشی سازی و با web scraping از دیتابیس های آنلاین و آفلاین اختصاصی انجام میشود.
عدم محدودیت در انتخاب پنل های ژنی و آنالیز با دید وسیع، رسیدن به واریانت های آسیب زا را آسانتر و احتمال نیاز به تکرار آنالیز و بررسی های مجدد را به حداقل می رساند.
گزارش های خروجی نرم افزار ژن متریک
گزارش های خروجی نرم افزار ژن متریک بر پایه پنل ژنی اختصاصی، پیشنهادی یا سفارشی شامل :
بررسی های واریانت های جهش یافته آسیب زا و احتمالا آسیب زا Single Nuculid Variations-SNV
بررسی Copy Number Variations-CNV : این بررسی با استفاده از روش های یادگیری ماشین و الگوریتم اختصاصی GeneMetric طراحی شده توسط تیم تحقیق و توسعه شرکت رویش هوشمند داده با همکاری دانشگاه محقق اردبیلی و پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، انجام میشود. مراحل محاسباتی و مستندات علمی آن در مجله های بین المللی به چاپ رسیده است. نام نرم افزار ژن متریک برگرفته از نام این الگوریتم می باشد
یافته های جانبی Incidental finding بر مبنای استاندارد و پنل ژنی پیشنهادی مورد تایید ACMG
تفسیر بالینی گونههای سوماتیک سرطان با روش (CancerVar) و اولویت بندی سرطان زایی توسط هوش مصنوعی و الگوریتم یادگیری عمیق (OPAI)
آنالیز همزمان داده های NGS دو نمونه (یا بیشتر) برای دستیابی به جهش های ژن های آسیب زای مشترک در حالت Carrier Mode
حساسیت های دارویی
پنل های ژنی
در نرم افزار ژن متریک به روز ترین پنل های ژنی بر اساس نام، نوع و رسته بیماری بر مبنای علائم بیمارهای مختلف گردآوری شده است.
نرم افزار قادر است پنل های ژنی را بر مبنای علائم بالینی بیمار و با استفاده از مدل هوش مصنوعی زبانی بزرگ و کوچک مقیاس اختصاصی (LLM) با ترکیب آن با الگوریتم های فراابتکاری مانند (الگوریتم فراابتکاری ژنتیک ) پیشنهاد کند.
آنالیزورها میتواند پنل ژنی مورد نظر خود را به صورت سفارشی برای بررسی وارد نرم افزار کنند. این پنل ها قابلیت د خیره سازی در پروفایل آنالیزور را دارند.
جواب دهی
جواب دهی به آنالیز داده های NGS در شرکت رویش هوشمند داده با استفاده از نرم افزار ژن متریک در کمترین زمان امکان پذیر است.
جواب دهی کتگوریکال که در واقع خروجی ها و گزارش های نرم افزار ژن متریک می باشد. این جواب در یک روز کاری و در سر برگ رسمی شرکت در دسترس خواهد بود.
جواب دهی تکنیکال که توسط آنالیزورهای شرکت رویش هوشمند داده با استفاده از خروجی نرم افزار ژن متریک و بررسی دقیق واریانت ها و تطبیق اطلاعات بالینی نمونه مورد آنالیز با واریانت های اصلی آسیب زا و گزارش کامل از همه یافته ها آماده میشود . این گزارش بین 3 تا 5 روز کاری زمان بر است و در سربرگ رسمی شرکت با مهر و امضای مدیر فنی شرکت صادر می شود.
جواب دهی کلینیکال که توسط سر آنالیزور شرکت بررسی نهایی شده و به تایید متخصص ژنتیک پزشکی می رسد. این جواب با مهر و امضای مدیر فنی شرکت و پزشک متخصص ژنتیک 7 روز کاری زمان نیاز دارد.
خدمات تکمیلی
در شرکت رویش هوشمند داده طراحی پرایمر و آنالیز سنگر سکانس برای تایید یافته های گزارش شده از آنالیز داده های NGS نیز انجام می شود.
خدمات جانبی
شرکت ها، آزمایشگاه ها و مراکز تحقیقاتی که با شرکت رویش هوشمند داده همکاری داشته باشند در وب سایت رسمی این شرکت با افتخار معرفی خواهند شد.
شرکت رویش هوشمند داده آماده همکاری در طرح های پژوهشی، عملی ، ارائه مشاوره در حوزه آنالیز داده های زیستی ، پیاده سازی و طراحی الگوریتم برای داده کاوی بر پایه هوش مصنوعی (یادگیری ماشین و یادگیری عمیق) است.